清朝通过一系列军事行动巩固了对新疆的统治。以下是一些关键的军事行动和政策：
平定准噶尔叛乱：清朝于1755年平定了准噶尔部的叛乱，这是清朝对新疆统治的开始。三年后，清朝消灭了阿睦尔撒纳势力，从而确立了对西域的控制[1]。
统一天山南北：在收复北疆的基础上，清军乘胜南进，平定了南疆的反抗，完成了对天山南北的统一。这一统一是清代统一多民族国家发展史上的重要成就之一[2]。
建立军事据点：清朝在新疆建立了军事据点，如伊犁惠远城（今霍城县南），作为统治中心，并派兵驻守，以维护边疆安全[2]。
实行隔离制度：清朝在新疆实行了严厉的汉回隔离政策，限制汉人进入回疆垦殖，以减少民族冲突并巩固统治[7]。
法律制度的推行：在平定维吾尔贵族大小和卓木的叛乱后，清朝在新疆建立起稳固的统治，并推行清朝法律制度[6]。
改土归流政策：清廷对原土司地区进行了直接、有效的治理，以流官取代土司，废止土司各种陋规，实施与内地一体化治理[5]。
收复失地战争：1876年，清朝发动了收复新疆失地的战争，这是清朝末年进行的一场辉煌的战争，清军在短短一年半时间内成功收复失地[11]。
这些军事行动和政策有效地加强了清朝对新疆的控制，促进了边疆地区的稳定和发展。