《清史》研究中存在一些关键的学术争议，主要包括：
清朝统治评价：清朝灭亡后，社会总体上对清朝的评价非常低，认为清朝政治腐败、丧权辱国、大兴文字狱、屠杀人民等，清朝的统治一无是处。这种评价不是科学客观的。中国社会科学杂志社
清史编纂体裁体例：吴怀琪认为，历史学是盛衰学，清史工程必须要体现对民族盛衰的关注。论是否是空论，关键在是否精到，清史要述中有作，作中有述。中华文史网
抗清斗争研究：在抗清斗争研究中，几个主要的抗清领袖人物，史可法、李定国、郑成功是学术界关注的焦点。在建国以来的清史研究中，史可法一直是最有争议的历史人物之一。中华文史网
新清史学派与旧清史学派分歧：新清史学派和旧清史学派存有分歧的原因，在于清史牵涉到理解现代中国的主权、领土、文化等等问题的本质。新清史学派重新让学者们意识到了满文、蒙古文、藏文文本研究的重要性。维基百科
清史纂修与中华传统文化：有清一代历史上还有许多值得研究和借鉴的问题。例如，清代盛极而衰，清代中外政治、经济、文化比较，对外政策和民族政策，中西交流，民间宗教的盛衰，等等，都值得深入研究。中华文史网
这些争议反映了《清史》研究的复杂性和多维度，涉及历史评价、编纂方法、史料解读等多个方面。