狄奥多尔·科穆宁·杜卡斯在被保加利亚俘虏后，他的政权走向崩溃的过程如下：
双眼被刺瞎：狄奥多尔在被俘期间双眼被刺瞎，这导致他失去了作为皇帝的资格。[1][2]
儿子约翰成为皇帝：由于狄奥多尔失去了作为皇帝的能力，他立自己的儿子约翰为皇帝，并在幕后执政。[1][2]
曼努埃尔的夺权尝试：在尼西亚帝国的支持下，狄奥多尔的兄弟曼努埃尔尝试夺回塞萨洛尼基，但最终失败并被流放。[1][2]
领土丧失：狄奥多尔的兄弟曼努埃尔·科穆宁·杜卡斯继承了他的皇位，但色雷斯、马其顿大部和阿尔巴尼亚等领土都被保加利亚沙皇伊凡·阿森二世占领。[11]
马其顿王朝的灭亡：狄奥多拉女皇去世且无后，导致马其顿王朝灭亡。[3]
综上所述，狄奥多尔被俘后，由于其双眼被刺瞎失去了作为皇帝的资格，导致政权内部动荡，兄弟曼努埃尔的夺权尝试失败，以及领土的丧失，最终导致了马其顿王朝的灭亡。[1][2][3][11]