人类在驯化动物的过程中，通过自然选择增强了对人畜共患病的免疫能力，主要通过以下几个方面：

1. 人工选择和遗传改良：在驯化过程中，人类倾向于选择那些对疾病有较强抵抗力的动物进行繁殖，从而逐渐增强了整个种群的抗病能力。这种选择性繁殖导致了动物群体中抗病基因的积累，提高了对特定病原体的免疫力[1]。

2. 环境控制和卫生管理：驯化动物通常生活在受控的环境中，人类可以通过改善卫生条件和管理措施来减少病原体的传播，从而降低疾病发生的风险[2]。

3. 病原体暴露和适应：随着时间的推移，驯化动物与人类共同生活，逐渐暴露于各种病原体中，这促使它们的免疫系统适应并发展出对某些病原体的抵抗力[3]。

4. 遗传多样性的减少：驯化动物相较于野生动物，遗传多样性较低，这可能使得它们在面对某些病原体时更易受到感染，但同时也可能因为遗传背景的单一性而更容易通过人工选择来增强对特定疾病的抵抗力[4]。

5. 生态学的稀释效应：增加生物多样性可以降低疾病传播的风险，这被称为稀释效应。在驯化过程中，通过维持一定的生物多样性，可能有助于减少疾病的传播[5]。

综上所述，人类通过选择性繁殖、环境控制、病原体适应、遗传多样性的减少以及生态学的稀释效应等自然选择机制，增强了驯化动物对人畜共患病的免疫能力。这些措施有助于减少疾病的发生和传播，保护人类和动物的健康。