《三自宣言》发表后，部分基督教领袖拒绝加入三自教会的原因主要包括以下几点：
信仰和神学立场：一些基督教领袖坚持自己的信仰和神学立场，认为加入三自教会意味着背离了原有的信仰原则。他们认为三自教会与政府的合作是对信仰的妥协，因此拒绝加入。
对政府控制的担忧：部分领袖担心三自教会将成为政府控制的工具，从而失去教会的独立性和自主性。他们害怕教会在政府的影响下失去原有的纯粹性和自由。
政治压力和逼迫：在当时的政治环境下，拒绝加入三自教会的领袖和教会面临着极大的政治压力和逼迫。一些人因为坚持自己的立场而被捕入狱，遭受迫害。
教会独立性的追求：一些教会和领袖追求教会的独立性，不愿意接受政府的干预和控制。他们认为教会应该保持独立，不应该受到政治力量的影响。
对三自教会运动的不认同：部分领袖对三自教会运动本身持有不同意见，他们不认同三自教会的成立和运作方式，因此选择不加入。
这些原因综合反映了当时中国基督教内部对于三自教会运动的不同态度和反应。一些领袖和教会为了坚持自己的信仰和教会的独立性，选择了拒绝加入三自教会，即使这意味着他们将面临政治上的逼迫和迫害。