基比拉奥特军区在11世纪中期之后经历了显著的变化。根据搜索结果，特别是来自维基百科和360Doc的信息，我们可以了解到以下几点：
军区制的衰落与变革：在11至12世纪，军区制经历了巨大的变化，但直到帝国灭亡，军区制仍然在地方行政、军事中扮演重要角色[1]。这一时期的制度衰落后，军区制经历了较大的变革[2]。
雇佣兵势力的崛起：12世纪的帝国军事制度经历了深刻的变化，其中最重要的表现便是雇佣兵势力的崛起，这对军区制有重要影响[3]。
中央集权与地方军权的斗争：拜占庭朝廷在长期依赖地方军事指挥后，还没有准备好发挥集中军事指挥权的体制，收拢地方军权似乎是科穆宁王朝强化中央集权的成果，但这付出的代价非常大[4]。
军区制的持续存在：尽管经历了变革，军区制作为拜占庭帝国三分之二时间赖以生存的军事基础，该制度一直沿用到帝国末期[2]。
综上所述，基比拉奥特军区在11世纪中期之后的变化主要体现在军区制的衰落与变革、雇佣兵势力的崛起、中央集权与地方军权的斗争，以及军区制的持续存在等方面。这些变化对拜占庭帝国的军事和行政体系产生了深远的影响。
参考来源： [1] 军区制- 维基百科，自由的百科全书 [2] 千年东罗马的长盛之道：浅析拜占庭帝国军区制 - 360Doc [3] 晚期拜占庭帝国雇佣兵控制权的丧失及其影响 - 中国历史研究院 [4] 陈志强：晚期拜占庭帝国雇佣兵控制权的丧失及其影响 - 腾讯新闻