三皇五帝的历史在现代仍然充满争议和神秘色彩，原因主要有以下几点：
古史传说与信史的界限模糊：三皇五帝时期属于神话与传说的时代，而信史时代是指有文字确切记载的时代。由于三皇五帝时期缺乏确切的文字记载，使得这一时期的历史真实性难以考证，从而引发争议[1]。
考古发现与古史记载的对应性：考古发现如三星堆遗址的出土，虽然为古史传承体系提供了一定的实物证据，但同时也带来了新的解读和争议，因为这些发现与古史记载之间存在对应性的考古信息，使得对古史的解读更加复杂[2]。
民族神话与始祖形象的塑造：任何一个民族的神话都会浓墨重彩地宣扬本民族始祖的个人魅力，三皇五帝被赋予了与天地万物沟通的能力，非凡的智慧、过人的胆识与武艺以及充沛的精力，这种神话色彩使得历史人物的真实性更加难以捉摸[3]。
历史传承与文化认同：三皇五帝作为华夏文明的始祖，其历史形象与文化认同紧密相关。不同历史时期和不同文化背景下，对三皇五帝的解读和评价存在差异，这也是争议和神秘色彩的来源之一。
历史记载的缺失与断层：中国历史上存在“消失”过1500年的时期，无任何史料记载，这使得三皇五帝时期的历史更加扑朔迷离[4]。
综上所述，三皇五帝的历史之所以在现代仍然充满争议和神秘色彩，主要是因为缺乏确切的文字记载、考古发现与古史记载之间的对应性问题、民族神话与始祖形象的塑造、历史传承与文化认同的差异，以及历史记载的缺失与断层。这些因素共同作用，使得三皇五帝的历史成为一个永恒的谜题。
[1] 中国历史上“消失”过1500年！无任何史料记载，其中发生了什么？ - 网易
[2] 霍巍：三星堆考古与中国古史传承体系 - 马克思主义研究网
[3] 碌碌无为的日本初代天皇| 《神怪日本史》出版_万维书刊 - 万维书刊网
[4] 中国历史上“消失”过1500年！无任何史料记载，其中发生了什么？ - 网易