2001年马其顿武装冲突的起因主要包括以下几点：
民族矛盾和政策限制：根据维基百科的资料，冲突的起因之一是马其顿共和国政府推行新政策限制在马其顿使用阿尔巴尼亚语，并禁止公开携带阿尔巴尼亚旗帜[1]。这些政策激化了民族矛盾。
边界划定问题：新浪军事的报道指出，此次事件的直接起因是马其顿与南联盟塞尔维亚共和国之间边界的划定问题[2]。
民族分离活动：新浪军事的另一篇报道提到，民族分离活动是导致马其顿危机的主要根源，西方和北约的政策又激化了民族矛盾[3]。
科索沃战争的影响：界面新闻报道，2001年，即科索沃战争结束的两年后，马其顿阿尔巴尼亚族组建的“民族解放军”曾与政府发生冲突，原因是希望加入由科索沃和阿尔巴尼亚组成的“大阿尔巴尼亚国”[4]。
这些因素共同作用，导致了2001年马其顿武装冲突的爆发。这场冲突最终通过签署奥赫里德和平协议得到了解决。
[1] 2001年马其顿武装冲突- 维基百科 [2] 战略视角：马其顿爆发冲突的背后_舰船知识 - 新浪军事 [3] 马其顿危机根源何在？_舰船知识 - 新浪军事 [4] 科索沃武装分子“入侵”马其顿冲突导致22人死亡 - 界面新闻