在合肥新城之战中，孙权选择在曹叡率军救援时撤退的原因主要有以下几点：
战略判断：孙权可能认为继续战斗的胜算不大。根据网易新闻的描述，满宠认定孙权的进攻是缓兵之计，目的是趁援军回归本州之际再行进攻，因此请求援军不要撤回。孙权可能意识到魏军已有准备，继续战斗难以取得决定性胜利。
避免更大损失：孙权可能考虑到若曹叡亲自率军来救，魏军的战斗力会大大增强，若强行战斗可能会遭受更大损失。如搜狐新闻所述，孙权在合肥之战中输了，其实是孙权赢了，因为他避免了更大的损失。
保持军队实力：孙权可能出于保持军队实力的考虑，选择在强敌到来前撤退。根据爱上历史的描述，孙权在合肥城远离水边时二十余日不敢下船，后来在满宠伏军的袭击下大败而归，说明孙权对军队实力的保持非常重视。
政治和外交考量：孙权可能也在考虑政治和外交上的影响。如易次元：网易互动阅读平台所述，孙权在得知魏明帝曹叡亲自率大军来救时选择撤军，这可能是出于对双方力量对比的重新评估和政治外交上的考量。
综上所述，孙权在合肥新城之战中选择撤退，是基于对战场形势的判断、避免更大损失、保持军队实力以及政治外交考量的结果。