考古学家通过遗传学分析来揭示三皇五帝时期的文化扩张主要通过以下几个步骤：
多学科结合研究：复旦大学金力院士团队通过语言学、遗传学、考古学等多学科结合，对汉藏语系进行研究，探索“中华五千年不断裂文明”的“主人”之“一脉相承”12。
遗传结构分析：通过遗传结构分析，结合语言学、考古学和历史学来理清复杂族群的起源、迁徙和融合历程。例如，对汉藏、壮侗、回族人群进行Y染色体分析3。
考古发现与遗传学对应：三个重要的时间点正好对应考古发现的中华文化三个扩张时期：高庙文化、仰韶文化和红山文化。李辉猜测，这三个人很有可能就是“三皇五帝”中的人物45。
文化遗存分析：新石器时代考古学的最新研究成果表明，五帝时代众多的“帝系”与族系的记载是可信的，它们对应的“文化遗存”显示，几乎没有一处是完全独立发展而来的，均或多或少受到外来文化的影响6。
姓氏、家谱研究：通过姓氏、家谱和Y染色体的研究，进一步探索个体与族群之间的联系，为理解古代文化扩张提供线索3。
通过这些方法，考古学家能够更深入地理解三皇五帝时期的文化扩张和人群迁徙模式，为我们今天理解中华文明的起源和发展历程提供了宝贵的科学依据。