耶稣会传教士在亚洲的传教活动主要面临了以下挑战和冲突：
文化差异和本土信仰的冲突：耶稣会士在亚洲传教时，需要处理基督教与中国本土信仰和文化的关系问题。19世纪的传教士普遍认为中国处于异教文化影响之下，为了使中国人改信基督，必须消除这些影响[2]。此外，中国礼仪之争也体现了西方天主教传教士就中国传统礼仪是否与天主教义相容的问题与清王朝发生的冲突[6]。
政治因素和政府限制：耶稣会士在亚洲传教时，经常受到当地政府政策的影响。例如，在17世纪至18世纪，耶稣会士因祭祖和尊孔问题与清王朝发生冲突，导致康熙和罗马教廷分别禁止耶稣会在华传教[7]。
宗教改革的影响：16世纪的宗教改革对耶稣会士在中国的传教活动产生了重大影响。宗教改革和18世纪的启蒙运动对耶稣会士的思想和行为特征提出了挑战，这些特征是推进了传教的还是构成其不可逾越的阻碍[5]。
与其它宗教团体的竞争：耶稣会士在亚洲传教时，也面临着与其他宗教团体的竞争。例如，耶稣会士与方济各会士和多明我会士在远东传教时存在不同的看法和竞争[11]。
社会动荡和战争的影响：在亚洲的一些地区，如中国，社会动荡和战争对传教活动产生了影响。例如，鸦片战争后，中外关系受到国家层面和官方程序的调节，传教士的活动受到限制[10]。
科学与宗教的冲突：耶稣会士在传播科学技术的同时，也面临着科学与宗教之间的冲突。一些传教士将中国宗教视为邪恶势力的产物，这种成见影响了他们在中国的传教工作[10]。
这些挑战和冲突表明，耶稣会士在亚洲的传教活动并非一帆风顺，而是需要克服多重障碍，包括文化、政治、宗教和社会因素。