原史时代的考古学研究面临的挑战主要包括：
文物保护和非法盗墓问题：大规模的盗墓、国际走私和建设性的破坏严重威胁到考古学未来的生存空间。陈胜前：中国考古学的重大课题 - 三亚市博物馆
研究方法和理论的更新：中国考古学已经开始不满足于当下的研究层次，要从物质遗存中探索更深层次的内容。陈胜前：中国考古学的重大课题 - 腾讯新闻
科技考古与文化研究的结合：我国科技考古的超前和考古学文化研究的滞后，使得科技手段与文化分析难以契合，在历史重建的许多关键问题上力不从心。范式变化与考古学文化概念的发展 - 中国社会科学网
经验主义与理性主义的平衡：考古学家的发现大部分是没有文字的物质材料，他们既无法像历史学家那样通过文字来重建历史，也无法像文化人类学家那样从研究对象直接观察人类的行为和思想。考古研究的经验主义与理性主义 - 中国历史研究院
考古学文化概念的适用性：旧石器考古并不是一个适合运用“考古学文化”概念的领域，其材料特征不足，以构建如新石器—原史考古中那样明确的考古学文化单位。中国考古学研究的范式与范式变迁 - 嘉定一中
文明探源工程的挑战：史前考古学承担了究明史前时代人类历史的全部责任，两者所研究的遗迹和遗物在性质上有一定的差异，所以它们的研究方法也有所不同。孟宪民：跨越重点引领未来——试论文明探源工程 - 良渚博物院
考古学人才培养问题：什么样的人在为此坚守？考古人才培养走过了怎样的历程？面临哪些挑战？如何用好新时代考古学迎来的发展机遇，培养更多考古人才。怎样让考古事业后继有人、人才辈出 - 求是
这些挑战反映了原史时代考古学研究的复杂性和多维度，需要考古学界、政府机构和社会各界共同努力，以推动考古学的发展和文化遗产的保护。