成吉思汗通过千户制改革蒙古军队的组织结构主要体现在以下几个方面：
组织整合：成吉思汗将千百户制度普遍推行于蒙古各部，以千户、百户、十户的形式把全体蒙古人民组织起来，打破了原有的氏族界限，重新编制了军队和民众[1]。这种组织结构强调了军队的灵活性和快速机动性，使蒙古军队能够高效地进行军事行动[8]。
军事与行政结合：蒙古推行集军事组织与行政管理为一体的千户制。全国被划分为95个千户，每个千户人数从不足1000人到4000人不等，另外还封授了4个万户。千户以下为百户，这种制度使得军队在平时也参与行政管理和生产活动[2]。
土地和人民的所有者：蒙古大汗是整个国家土地和人民的所有者，蒙古诸王因分封制度获得自己的民户和封地，世袭占有，并对其子孙进行家庭内分配[3]。
军事单位与行政单位的统一：每一个千户既是一个军事单位，又是同一地域的行政单位。这种设置使得军队在执行军事任务的同时，也承担着行政职能[4]。
后勤体制：在国家后勤体制上，成吉思汗以千户制为基础进行领土封赏。每个千户都有指定的驻牧地，千户长作为世袭长官总掌本部一切后勤事宜，部民都有责任向他提供贡品[5]。
分封制度：一部分千户分属于宗王（成吉思汗家族成员），其他千户分编成左右两翼军，由左右翼万户长分掌。这种分封制度加强了中央对地方的控制[6]。
打破派系：通过对95个千户的分封，保证“一切蒙古人、自由人、战士、蒙古的庶民和奴隶”都被纳入统一的管理体系中，取消了原有的派系[9]。
通过这些改革，成吉思汗不仅加强了对军队的控制，也提高了军队的战斗力和行政效率，为蒙古帝国的扩张和统治打下了坚实的基础。