普热梅斯瓦夫二世失去克拉科夫公国的过程与波希米亚国王瓦茨拉夫二世的威胁密切相关。根据搜索结果中的信息，以下是事件的详细经过：
政治联盟与对抗：1293年，普热梅斯瓦夫二世加入了由库亚维公爵瓦迪斯瓦夫一世和他的弟弟文奇察公爵卡齐米日二世组成的反波希米亚人联盟。这个联盟的目标是收复被波希米亚控制的领土。来源
加冕为波兰国王：1295年，普热梅斯瓦夫二世成为波列斯瓦夫二世后第一位加冕为波兰国王的皮雅斯特王朝公爵。然而，他只统治了波兰领土的一部分，因为他先前已将克拉科夫和小波兰割让给波西米亚国王瓦茨拉夫二世。来源
领土割让：普热梅斯瓦夫二世在加冕为波兰国王之前，已经将克拉科夫和小波兰割让给了瓦茨拉夫二世，这一行为可能是为了确保自己能够顺利加冕，或是作为对波希米亚国王的一种政治妥协。来源
瓦茨拉夫二世的控制：在13世纪90年代末，瓦茨拉夫二世控制了大波兰，这进一步巩固了他对克拉科夫公国的控制。来源
综上所述，普热梅斯瓦夫二世失去克拉科夫公国主要是由于他与波希米亚国王瓦茨拉夫二世之间的政治斗争和领土割让。他为了加冕为波兰国王，不得不对瓦茨拉夫二世做出让步，割让了克拉科夫和小波兰地区。这一决策可能是出于对波希米亚军事力量的恐惧以及对自身政治地位的考量。