苏嘉铁路在历史上被日军拆除的原因主要是由于日本在侵华战争中的战略物资匮乏。根据搜索结果中的信息，从1944年3月起，日军开始拆除苏嘉铁路，至1945年1月12日[1]。日军将全线钢轨、枕木等拆除，移铺至其他铁路的部分路段[2]。这一行为是为了应对日本国内原材料极度匮乏的情况[3]。
至于苏嘉铁路后来为何没有重建，根据搜索结果中的信息，中华人民共和国成立后，1957年的二五计划展览会上，有重建苏嘉铁路的项目。但由于各种原因，包括资金、技术以及交通规划的改变等，苏嘉铁路最终没有被重建[4]。沦陷期间，苏嘉铁路被日军全部拆除，从此未恢复[5]。嘉兴火车站、汽车站等交通站场被毁，交通资财工具遭掠夺破坏，到抗战胜利时，已是千疮百孔，衰落凋敝[6]。
综上所述，苏嘉铁路被日军拆除是出于战略物资的需求，而后来没有重建则是由于多方面的原因，包括资金、技术问题以及新的交通规划等。