条顿骑士团在15世纪中叶失去其独立国家主要是由于其在军事上的连续失败，特别是与波兰-立陶宛联邦的冲突。1410年7月15日，条顿骑士团与波兰-立陶宛联军在坦能堡（格伦瓦德）进行了一场决定性的战役，这场战役以条顿骑士团的失败告终，导致其元气大伤[1]。这场战役是中世纪欧洲最大规模的战斗之一，条顿骑士团的失败标志着其军事力量的衰落[2]。
在接下来的一个世纪中，条顿骑士团继续遭受军事打击，萎靡不振，这是其外部的打击。内部方面，条顿骑士团最后一任大团长阿尔布雷希特选择走向新教，并且将东普鲁士改为世俗的普鲁士公国，这导致骑士团失去了其原有的宗教和军事性质[3]。1525年，骑士团总团长阿尔布列赫特将东普鲁士改为世俗的普鲁士公国，骑士团遂失去其原有独立国家的地位[4]。
总结来说，条顿骑士团在15世纪中叶的军事失败中失去其独立国家，是由于其在与波兰-立陶宛联邦的战争中遭遇重大失败，以及内部宗教改革和世俗化的转变。这些因素共同导致了条顿骑士团的衰落和失去独立国家的地位。