亨利三世在巴伐利亚公爵和克恩顿公爵之间多次更替的原因，根据搜索结果，可以归结为以下几点：
政治与权力平衡：亨利三世作为神圣罗马帝国的皇帝，需要在不同的贵族之间进行权力平衡。通过更替巴伐利亚公爵和克恩顿公爵，他能够控制和影响这些地区的政治局势，确保自己的权威和中央集权。
封建制度的约束：在当时的封建社会中，皇帝的权力受到封建领主的限制。亨利三世需要通过更替公爵来巩固自己的统治，同时满足不同领主间的利益诉求，以维护帝国的稳定。
地方势力的牵制：巴伐利亚和克恩顿地区的地方势力强大，亨利三世通过更替公爵来牵制这些地方势力，防止任何一个地区的力量过于集中，威胁到中央的统治。
个人能力与忠诚度的考量：亨利三世在选择公爵时，会考虑候选人的个人能力、忠诚度以及对帝国政策的支持程度。通过更替，他能够确保这些关键地区由忠于自己且有能力的统治者管理。
应对外部威胁：当时的神圣罗马帝国面临着来自外部的威胁，如与波希米亚和波兰的争端。亨利三世需要确保边境地区的领导力量足够强大，以应对外部的军事和政治压力。
这些更替行为体现了亨利三世在维护帝国统一和中央集权方面的努力，同时也反映了当时封建社会中皇帝与地方领主之间复杂的权力关系。