马继业-窦讷乐线在中巴边界协定中被部分采纳的原因主要与历史背景和地缘政治因素有关。根据搜索结果中的资料，这条线为中巴边界协定中的划界提供了部分依据，因此有人建议解决中印边界问题时也可以将此线作为参考[1]。具体来说，马继业-窦讷乐线在1898年被英国提出，是将阿克赛钦划给清政府的方案[3]。这条线一方面反映了英国越过喀喇昆仑山脉建立边界的战略考虑，另一方面也是折中的产物[5]。在后来的中巴边界谈判中，这条线大致被采纳，因为它在一定程度上符合了双方的战略利益和地缘政治考量[7]。因此，马继业-窦讷乐线在中巴边界协定中被部分采纳，是基于历史沿革和双方协商的结果。