明朝的海禁政策导致后期倭寇兴起的原因主要包括以下几点：
经济利益的损失：海禁政策使得沿海地区的人们失去了经济利益，他们和支持他们的东海沿岸地区的人们成为后期倭寇的主力（澎湃新闻）。由于海禁政策，中国与外国的贸易难以禁绝，海禁只能禁止中国百姓，导致商人失其生理，转而为寇（搜狐）。
海商走私活动：海禁政策与海商走私活动间的矛盾是倭寇崛起的原因之一。海禁政策的实施导致沿海商人无法从国际贸易中获得利益，从而转而进行走私活动（中国近代海权是怎么从明朝开始一路衰落的？- 中华文史网）。
社会动荡与失业：海禁政策导致大量沿海士兵逃亡和海防设施久遭破坏，为倭寇活动猖獗提供了可乘之机（明朝中后期为什么倭寇活动猖獗？是海禁引起的吗？_秦学教育）。同时，海禁政策阻碍了生产力的发展，导致沿海地区的人们失业，成为倭寇的一部分（[PDF] 从明朝倭寇的特点看倭寇的）。
政治腐败与军事衰弱：明世宗朱厚熜迷信道教不问政事，朝廷腐败官宦横行，导致海防空虚，为倭寇活动提供了机会（明朝中后期为什么倭寇活动猖獗？是海禁引起的吗？_秦学教育）。
综上所述，明朝的海禁政策不仅未能有效遏制倭寇，反而因其导致的经济利益损失、海商走私活动、社会动荡与失业以及政治腐败与军事衰弱等因素，间接促进了后期倭寇的兴起。