宇土藩在明治维新期间对长州征讨的应对措施主要体现在其与幕府的关系和行动上。根据搜索结果，宇土藩在幕末时期与幕府的关系较为紧密，其藩主在长州征讨期间支持幕府对长州藩的军事行动。具体来说：
支持幕府：宇土藩作为幕府的忠实支持者，在长州征讨期间站在了幕府一边。维基百科提到长州征讨是江户幕府与长州藩之间的战事，宇土藩作为幕府的盟友，参与了对长州的军事行动。
军事行动：在第二次长州征讨中，宇土藩作为幕府的一方参与了军事行动。百度百科提到，1864年长州藩因“禁门之变”被朝廷立为“朝敌”，幕府随后对长州进行了征讨，宇土藩作为幕府的盟友参与其中。
政治立场：宇土藩的政治立场与幕府一致，反对长州藩的激进改革。豆瓣中提到，幕府和雄藩之间因如何处置长州藩而出现矛盾，宇土藩作为雄藩之一，其立场与幕府相近。
综上所述，宇土藩在明治维新期间对长州征讨的应对是站在幕府一边，参与了对长州藩的军事行动，并在政治上支持幕府的立场。