沈括将自然哲学观点应用于科学研究的方式体现在以下几个方面：
实验和观察：沈括记录了人工磁化的方法，并用人工磁化针来作试验，对指南针进行深入研究。他比较了指南针的四种装置方法，并指出悬丝法最为准确。这显示了沈括通过实验和观察来验证和探索自然规律的科学方法。来源
勇于革新：沈括在认识论上提出了“天地之变，寒暑风雨，水旱螟蝗，率皆有法”，“大凡物理有常有变”。这些观点体现了他不拘泥于传统观念，勇于探索自然规律的革新精神。来源
跨学科研究：沈括的研究涉及天文、地理、方志、律历、音乐、医药、卜算、考古等多个领域，显示了他将自然哲学观点应用于广泛的科学研究中。来源
科学与实际应用结合：沈括的科学研究与实际需要和应用相联系，如他在制定历法和水利工程方面的贡献，体现了他将自然哲学观点应用于解决实际问题的能力。来源
批判精神：沈括的自然哲学观点不同于当时的儒家思想，更加接近于道家的思想主张，他批判了儒家保守思想，勇于革新，这为近代自然科学的发展提供了思想基础。来源
综上所述，沈括通过实验和观察、勇于革新、跨学科研究、科学与实际应用结合以及批判精神，将自然哲学观点成功应用于科学研究中，为后世的科学发展奠定了基础。