赵健民在云南特务案中被指控为“国民党特务”和“叛徒”的原因主要是由于文化大革命期间的政治斗争和康生的诬陷。根据搜索结果，以下是一些关键点：
康生的指控：1968年1月，康生当面指斥云南省委书记赵健民是“叛徒”，并称赵执行了子虚乌有的“国民党云南特务组”的行动计划1。这一指控导致赵健民含冤入狱长达8年之久2。
政治斗争：文化大革命期间，毛泽东曾说文化革命是“国、共两党斗争的继续”，导致各地“清阶”中大抓“国民党特务”，一时间“国特”冤狱遍布全国3。赵健民的案件正是在这样的背景下发生的。
冤案的影响：赵健民被指控的案件引发了1.5万余起冤案、假案，牵连上百万人4。在这一冤案中，云南138万人被牵连，17000余人被打死、61000多人被打残5。
历史的平反：文件中对赵健民的指控，如执行“国民党云南特务组计划”，被证实是蓄意编造的谎言6。黄兆其在1978年7月11日的交待中也明确表示文化大革命中他并不知道有关赵健民的任何特务活动6。
综上所述，赵健民被指控为“国民党特务”和“叛徒”主要是由于文化大革命期间的政治斗争和高层领导人的诬陷，而非基于事实的指控。这些指控最终被证明是虚假的，并且对赵健民个人以及云南省的大批干部群众造成了极大的伤害。