佩德罗二世在废除奴隶制度后失去民心的原因主要有以下几点：
连年征战：根据搜索结果中的多个来源，包括维基百科和网易文章，佩德罗二世在废除奴隶制的同时，也因连年征战开始失去民心。佩德罗二世(巴西) - 维基百科。
共和派的崛起：在废奴运动后，共和派希望能够推翻君主制，实现共和政体。这导致部分共和主义者对君主制的不满，进而影响了佩德罗二世的民心。【美洲古代列国志】巴西帝国（下）：佩德罗二世 - 网易。
上层阶级的不满：废除奴隶制后，部分上层阶级对佩德罗二世的政策感到不满，这可能也是他失去民心的原因之一。佩德罗二世 - 文明5在线百科。
民主化运动和摇摆不定的帝国继承权：学生发起的民主化运动和帝国继承权的不确定性也导致了对佩德罗二世的不满。佩德罗二世 - 文明5在线百科。
综上所述，佩德罗二世失去民心的原因是多方面的，包括连年征战、共和派的崛起、上层阶级的不满以及民主化运动和继承权问题。这些因素共同作用，最终导致了他的失势。