电影《小孩不笨》主要揭示了以下教育制度的问题：
能力分班制度：新加坡政府教育制度中的一个弊病是能力分班，从小学五年级开始，学生就被划分为EM1、EM2、EM3三个等级，这种分班制度导致学生被标签化，对孩子的自尊心和成长产生负面影响。
语言教育问题：电影中也探讨了新加坡华语问题，反映了语言教育在新加坡社会中的重要性和存在的问题。
家庭与学校的沟通问题：影片通过三个孩子的故事，展示了家庭、学校和学生之间的沟通问题，以及这些问题如何影响孩子的心理健康和成长。
学业压力：影片反映了青少年在学校及家庭里所面对的学业压力，以及这种压力如何影响他们的日常生活和心理健康。
教育政策对个人生活的影响：通过三个小孩的故事，电影让观众看出新加坡政府的教育政策如何影响社会上每个人的生活。
父母与子女的关系：影片探讨了父母与子女之间的沟通问题，以及父母对子女教育的期望和压力如何影响孩子。
这些教育制度问题在影片中得到了深刻的揭示和讨论，旨在引起社会对这些问题的关注和反思。