威廉皇帝纪念教堂的残存钟楼被特意保留下来的原因主要是作为战争的纪念物，以警示后人。根据搜索结果中的信息：
教堂在第二次世界大战中受损严重，战后保留了教堂钟楼的残骸，并在周围建造了新教堂和钟楼、礼拜堂和前厅。旧建筑和新建筑的合二为一给人压迫感，作为警世战争的纪念。来源
威廉皇帝纪念教堂旧钟楼残骸中既没有对不朽的追溯，也没有去往日荣光的惋惜，它作为一种战争创伤的纪念物去警示后人。来源
最终双方达成了妥协，68米高的旧教堂钟楼残骸得以保留和保护，以警示战争；残骸周围则依照艾尔曼的方案建造四栋新建筑。来源
综上所述，威廉皇帝纪念教堂残存的钟楼被保留下来，是为了作为战争的创伤纪念物，提醒人们战争的残酷和警示后人，同时也是对历史的尊重和记忆。