明代纸币的发行对中国古代经济体系产生了以下深远影响：

1. 促进了赋税制度的改革：明代进行了赋税制度的改革，特别是一条鞭法的实施，对日后中国社会的经济结构变迁产生了深远的影响。一条鞭法的实施，是白银在明朝完成货币化的标志，也代表中央政府信用为基础的纸币制度完败于银本位制，对中国乃至整个世界之后数百年的历史产生了极其深远的影响。来源

2. 推动了官僚体制的改革和运转：白银的流入推进了明代官僚体制的改革和运转。来源

3. 加速了货币制度的演变：明代纸币的发行和贬值，加速了货币制度从纸币向白银的转变，这一转变对中国经济体系产生了深远的影响。来源

4. 促进了市场经济的发展：明代白银货币化突出了市场现象和市场的作用，促进了传统经济向早期市场经济的转型。来源

5. 影响了国家和市场/社会结构性调整：明代白银货币化与晚明社会变迁兼行，与国家和市场/社会结构性调整呈现出相互重叠的共生演化过程。来源

6. 导致了“钱荒”和税制改革：经济的活跃要求有更多的货币加入市场流通，但朝廷货币发行的速度远远跟不上这种需要，又出现了“钱荒”。当时还进行了税制改革，推行“两税法”，朝廷规定“一切税收皆以钱为准”。来源

综上所述，明代纸币的发行对中国古代经济体系产生了深远的影响，这些影响不仅体现在货币制度的演变上，还体现在赋税制度的改革、官僚体制的改革、市场经济的发展以及社会结构的调整上。