陈水扁政府时期，台湾的政治和经济局势动荡不安的原因主要包括以下几点：
政治因素：陈水扁政府时期，台湾政治环境受到蓝绿政党恶斗的影响，导致政局动荡不安。陈水扁推行“强人政治”，不肯释放权力，导致朝野壁垒分明，政治风暴不断。台海观察：盘点陈水扁上台三年。
两岸关系：陈水扁政府时期，两岸关系紧张，对台湾经济和政治局势产生负面影响。陈水扁的“台独”分裂行径严重破坏了两岸关系，增加了“台独”分裂的危险性。台湾分裂势力蓄意破坏一个中国原则的主要表现有哪些？祖国大陆。
经济因素：陈水扁政府时期，台湾经济步入“停滞膨胀”，经济学者提出预警，台湾的经济极有可能发生严重问题。新华网-港澳台频道。外商对台湾经济缺乏信心，担忧两岸关系不稳定及岛内政治风波难以平息，对经济产生负面影响。台海观察：陈水扁令台湾经济边缘化。
社会因素：陈水扁政府时期，产业外移与媒体乱象影响，国内政治、社会及经济等均显得动荡不安。中华民国历史- 维基百科，自由的百科全书。
综上所述，陈水扁政府时期台湾的政治和经济局势动荡不安，主要是由于政治斗争、两岸关系紧张、经济问题以及社会不稳定等多方面因素共同作用的结果。