美军通过破译日军通讯确认“AF方位”指的是中途岛的过程如下：
破译JN-25密码：美军情报分析专家约瑟夫·罗彻福特成功破译了日本海军的JN-25b密码，其中“AF”被认为是指“中途岛”[1][4]。
验证“AF方位”：为了验证“AF方位”是否指的是中途岛，罗彻福特设计了一个计划。他指示中途岛的无线电报务员通过海底电缆发出一个虚假消息，称中途岛的淡水供应出现了问题[1][2][3]。
日军通讯反应：不久后，美军截获了日军的一份密电，电文中提到“AF可能缺少淡水”。这证实了“AF方位”确实指的是中途岛[1][7]。
进一步情报收集：美军继续通过破译日军通讯收集情报，最终确认了日军对中途岛的攻击计划和时间[1][3]。
通过这些步骤，美军成功确认了“AF方位”指的是中途岛，并利用这些情报在中途岛海战中取得了重大胜利。这一情报战的成功是中途岛海战胜利的关键因素之一[1][3]。
[1] 中途岛海战幕后英雄：成功破译日军密码，死后10年才获勋章 - 搜狐
[2] 中途岛海战- 维基百科，自由的百科全书
[3] 反击的大E——中途岛战役中的企业号 - 战舰世界
[4] 二战时美军破获日军密码助中途岛海战取大胜 - 中国新闻网
[7] 日本人是怎么输掉太平洋战争的，决定胜败关键5分钟发生了什么？