《中国行政区划通史》被列为国家重点出版项目的原因主要有以下几点：
学术价值和重要性：《中国行政区划通史》是中国首部综合性学术行政区划通史著作，由复旦大学教授周振鹤主编。该著作详细研究了自先秦至民国时期的中国行政区划变迁，不仅考证了历时政区沿革，还复原了同一年代各政区并存的面貌[1]。行政区划历史沿革是历史地理学和政治地理学的重要组成部分，对理解中国历史和文化具有重要意义[3]。
国家出版规划项目：《中国行政区划通史》是中国新闻出版总署规划的国家重点出版项目，体现了国家对该项目的重视和支持[2]。
国家出版基金资助：作为国家出版基金资助项目，该著作得到了国家出版基金的支持，显示了其在学术和文化传承方面的价值[7]。
国家治理和行政管理的重要性：行政区划是国家进行行政管理的重要手段和国家治理体系建设的重要组成部分，与社会经济发展以及地方稳定密切相关[6]。
填补学术空白：在《中国行政区划通史》之前，国内外尚无一部专门研究中国行政区划变迁的综合性学术著作，该著作的出版填补了这一学术空白[8]。
综上所述，由于其在学术研究、国家规划、文化传承以及国家治理方面的重要作用，《中国行政区划通史》被列为国家重点出版项目。