以色列的十二支派中只有两支留存下来，其他十支神秘消失的原因，主要是由于历史事件的影响。根据搜索结果中的信息，以下是关键点：
北国以色列的灭亡：失踪的以色列十支派是指古代以色列人十二支派中失去踪迹的10支，这10个支派属于北国以色列，在北国以色列被亚述摧毁（约公元前722年）以后，便消失于圣经的记载[1]。北国以色列被亚述帝国攻陷后，其国内的十个支派都被慢慢同化，渐渐消失了[4]。
南国犹大的存续：南边的犹大国还剩2个支派，分别是：犹大支派与便雅悯支派。后来的古犹太人其主要来源于这两个支派[4]。
同化与消失：北国以色列的十个支派在被亚述帝国征服后，逐渐被同化进其他文化和民族中，失去了自己的身份和特色，因此从历史记载中消失[2]。
历史与神话的交织：《圣经·列王纪》记载了亚述人发动的一场血腥进攻，毁灭了北国以色列，导致十二支派中的十支从历史和神话中消失[7]。
综上所述，以色列十二支派中只有两支留存下来，其他十支神秘消失的主要原因是北国以色列被亚述帝国征服后，这些支派被同化进其他文化和民族中，失去了自己的身份和特色，从而在历史记载中消失。这一历史事件对以色列十二支派的存续产生了深远的影响。
参考来源： [1] https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E5%A4%B1%E8%B9%A4%E7%9A%84%E4%BB%A5%E8%89%B2%E5%88%97%E5%8D%81%E6%94%AF%E6%B4%BE [2] https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1360395 [4] https://www.163.com/dy/article/II5F919D055634HA.html [7] https://zhidao.baidu.com/question/1544926597502845467.html