蒙古人在第三次西征中未能彻底征服叙利亚的原因主要有以下几点：
军事上的失利：蒙古军队在艾因·贾鲁战役中被来自埃及的马穆鲁克骑兵彻底击败，这场战役阻止了蒙古人将伊斯兰教政权全部摧毁的最糟情况发生[1]。此战是蒙古对外征服中较为著名的一次失败[2]。
气候和环境的不利：蒙古军队因近东地区的温度偏高而感到不适，沙尘暴也影响了作战[3]。这些气候和环境因素对蒙古军队产生了不利影响。
内部矛盾和政治因素：在第三次西征期间，蒙古帝国内部出现了矛盾和纷争，特别是在蒙哥大汗去世后，帝国的注意力转向了内部的权力斗争[4]。
扩张的极限：从军事角度来说，速不台、哲别的军队已经达到了扩张的极限[5]。蒙古军队到达叙利亚时已是强弩之末，难以继续深入征服[6]。
战术和战略上的不足：蒙古军队在叙利亚的战术和战略可能没有适应当地的战场环境，加之马穆鲁克王朝的军事实力不容小觑，蒙古军队未能有效突破对方的防线[7]。
以上因素综合导致了蒙古人在第三次西征中未能彻底征服叙利亚。这场战役不仅避免了蒙古人对伊斯兰世界的全面征服，也标志着蒙古帝国西征的结束[1]。
[1] 第三次西征的蒙古骑兵为何会败给马穆鲁克？真因为马不如人吗 - 搜狐
[2] 第三次西征的蒙古骑兵为何会败给马穆鲁克？真因为马不如人吗 - 新浪
[3] 决胜叙利亚：马穆鲁克与蒙古人的三次霍姆斯之战 - 腾讯新闻
[4] 蒙古帝国为何停止西进征服世界内部矛盾自相残杀 - 新浪军事
[5] 大蒙古国的3次西征，为何戛然而止？成吉思汗没想过攻入中欧吗？
[6] 蒙古第三次西征为什么不能到达非洲？兵到叙利亚已是强弩之末
[7] 成功挫败蒙古铁骑西征的马木路克王朝 - 搜狐