在小说《玫瑰之名》中，修道院图书馆隐藏的重大秘密是亚里士多德的《诗学·卷二》孤本。这本书被认为包含了亚里士多德对喜剧的论述，与已知的《诗学·卷一》（论述悲剧）相对应。在小说中，这个孤本被藏在图书馆中，成为了连环杀人事件的动机。所有死者都是为了得到这本书，他们的死亡与《圣经·启示录》中末日审判的景象相暗合。老院长约杰为了防止这本可能颠覆当时宗教教义的书影响人们的信仰，在书上涂了剧毒。最终，威廉修士和阿德索发现了真相，并在图书馆被火焰吞噬前抢救了一些书籍。这个秘密不仅关系到修道院的历史，也触及了中世纪对知识和真理的恐惧与追求。