库克船长在夏威夷群岛的遭遇引发争议的原因主要包括以下几点：
文化误解与冲突：夏威夷人最初将库克视作土著信仰的罗诺神（Lono）化身，然而，当库克在非预期的时间返回夏威夷时，他的这一行为打破了夏威夷人对神性周期的期待，从而引发争议和冲突。来源
绑架酋长事件：在1779年2月14日，库克试图绑架夏威夷岛酋长卡拉尼奥普乌，以换取先前被夏威夷人夺取的船只。这一行为激怒了夏威夷人，最终导致库克船长被杀。来源
西方探险对当地的影响：库克的探险旅程对太平洋地区，包括夏威夷群岛，有着复杂的影响。他的行动不仅带来了文化冲突，还可能引入了外来疾病，对当地社会结构和文化造成了深远的影响。来源
历史评价的争议：历史学家对库克船长的评价存在分歧，一方面他被视为伟大的探险家，另一方面，他的行动也被视为殖民主义和帝国主义的象征，对夏威夷等太平洋岛屿的原住民社会造成了破坏。来源
这些争议反映了库克船长在夏威夷群岛的遭遇不仅是一个历史事件，也是文化冲突、殖民主义影响和历史评价复杂性的体现。