齐格蒙特三世·瓦萨在瑞典失去王位的原因主要是由于宗教和政治上的分歧。作为波兰国王，他同时也是瑞典国王，但由于他试图将天主教引入以新教为主的瑞典，这导致了瑞典国内的强烈反对。此外，他的叔叔卡尔九世利用了瑞典与波兰之间的宗教差异，联合瑞典国内的贵族反对齐格蒙特三世。在1598年的斯德哥尔摩血战中，齐格蒙特三世的军队被击败，他被迫退回波兰。随后，瑞典议会废黜了他的王位，并立卡尔九世为监国，即后来的卡尔九世国王。因此，齐格蒙特三世在瑞典失去王位的直接原因是军事上的失败和政治上的失势，这与他未能获得瑞典贵族和人民的支持，以及他在宗教政策上的争议行为有着直接的联系。