石高制度在日本明治维新后被取代的过程与明治政府推行的一系列现代化改革密切相关。明治维新期间，日本政府实施了财政统一政策，稳定了国家财政，并推动了殖产兴业政策，以促进资本主义经济的发展。这些改革导致了石高制度的经济基础——封建领主土地所有制的瓦解。具体来说：
财政统一与石高制度的瓦解：明治政府通过财政统一政策，稳定了幕府后期严重负债的国家财政，这直接冲击了石高制度，因为石高是与封建领主土地所有制紧密相关的[1]。
殖产兴业政策：明治政府推动殖产兴业政策，掌握并发展了资本主义性质的工业和交通通讯设施，这进一步削弱了封建领主的经济基础，加速了石高制度的消亡[1]。
土地制度改革：明治维新后，日本政府进行了土地制度改革，允许土地自由买卖，这直接动摇了石高制度的基础[2]。
封建制度的废除：明治维新期间，日本政府废除了封建制度，包括石高制度在内的一系列封建制度被废除，取而代之的是现代化的制度[3]。
综上所述，石高制度在日本明治维新后被取代，主要是因为明治政府推行的现代化改革，特别是财政统一、殖产兴业政策以及土地制度改革，这些改革共同导致了石高制度的经济基础——封建领主土地所有制的瓦解，从而使得石高制度被新的经济和社会制度所取代。
[1] https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E6%98%8E%E6%B2%BB%E7%BB%B4%E6%96%B0 [2] https://www.163.com/dy/article/E91S71L90529TCJM.html [3] https://wapbaike.baidu.com/tashuo/browse/content?id=632fc520dcfee5e216bfbb75