肯尼亚总统的个人总统旗帜（即总统标准旗）在历任总统间有一些显著的设计变化，通常以反映每位总统的个性和执政理念为主。这些旗帜不仅代表总统的个人权威，也体现了国家的统一和主权。
乔莫·肯雅塔（1963-1978）：肯尼亚的首任总统乔莫·肯雅塔的旗帜最早设计采用了类似国家旗的元素，中央是肯尼亚的国徽。黑、红、绿三色旗的基础上加上国徽，象征着国家的统一与肯尼亚人民的独立斗争。
丹尼尔·阿拉普·莫伊（1978-2002）：莫伊总统的旗帜变为纯蓝色背景，中央放置了国徽。蓝色象征总统对国家的忠诚，设计风格简单，体现了莫伊长期统治中的稳定与权威。
姆瓦伊·齐贝吉（2002-2013）：齐贝吉的总统旗保留了蓝色背景，但设计上更加简洁，中央继续保留国徽，象征着领导层的延续与稳定。
乌胡鲁·肯雅塔（2013-2022）：乌胡鲁·肯雅塔的旗帜也采用了深蓝色背景，搭配象征胜利和领导力的金色鹰徽与国徽。这进一步强化了他作为国家领导者的象征意义。
总统旗的核心元素——肯尼亚国徽——在历任总统的旗帜上始终保留，象征总统作为国家自由与主权的守护者的角色。