EFF团队将控制机器的PC操作系统从Windows 95更换为Linux的原因主要包括以下几点：
隐私问题：Windows作为商业版操作系统，被认为会大肆收集用户隐私信息，而Linux提供了更好的隐私保护。
开源和定制性：Linux是一个开源操作系统，允许用户查看、修改和重新分发代码，这使得EFF团队可以根据自己的需求定制操作系统。
成本效益：Linux是免费的，而Windows作为商业软件需要购买许可证，对于需要大量部署操作系统的EFF团队来说，使用Linux可以节省成本。
安全性：Linux因其开源特性，拥有强大的社区支持，可以快速发现和修复安全漏洞，提供更高的安全性。
稳定性和性能：Linux操作系统以其稳定性和性能而闻名，这对于需要长时间运行且性能要求高的控制机器来说非常重要。
跨平台兼容性：Linux支持多种硬件平台，这使得EFF团队可以在不同的设备上使用相同的操作系统，简化了管理和开发工作。
以上信息综合了多个来源，包括腾讯云的文章"Windows换Linux操作系统的原因"和CSDN博客"Linux终将胜过Windows的十个原因转载"。