互联网档案馆在保护用户隐私方面采取了以下措施：
可信时间戳认证：用户存证成功后，会得到相应的可信时间戳认证证书，记载申请人、取证时间、时间戳认证码及取证位置等信息。这种方式相较于传统的公证存证方式而言，可信时间戳等电子存证方式更加安全、高效1。
遵守相关法律法规：互联网档案馆遵循《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规，保护个人信息权益，规范个人信息处理活动2。
建立健全用户信息保护制度：根据《我国个人信息保护标准体系与实践》中提到的，网络运营者应当对收集的用户信息严格保密，并建立健全用户信息保护制度3。
数据分类分级保护制度：根据《网络数据安全管理条例（征求意见稿）》的规定，国家建立数据分类分级保护制度，不同级别需采取不同的保护措施，特别是对个人信息和重要数据进行重点保护4。
平台规则、隐私政策和算法策略披露制度：互联网平台运营者应建立与数据相关的平台规则、隐私政策和算法策略披露制度，及时披露制定程序、裁决程序，保障平台规则、隐私政策、算法公平透明4。
个人信息主体授权管理平台：建立个人信息主体授权管理平台并与企业访问权限管理系统对接，建立个人信息安全影响评估体系，建立个人信息安全事件应急响应制度及配合监管部门调查取证的流程5。
通过这些措施，互联网档案馆致力于保护用户的隐私和个人信息安全，确保用户在使用服务时的隐私得到妥善保护。