申时行在明朝历史上被称为“首鼠两端”的原因，主要与他作为内阁首辅时的政治立场和行为有关。根据搜索结果中的资料，申时行在处理朝政事务时，往往采取折中调和的策略，试图在各方势力之间保持平衡，避免直接冲突。这种行为在当时被一些批评者视为犹豫不决或动摇不定，因此用“首鼠两端”来形容他的政治态度。这个成语最早出自西汉司马迁的《史记·魏其武安侯列传》，意指在两者之间犹豫不决或动摇不定。申时行的这种政治行为，虽然在一定程度上缓和了朝中的矛盾，但也可能导致了缺乏果断和强硬的领导，从而在历史上留下了“首鼠两端”的评价。