塞萨洛尼基军区在奥斯曼帝国入侵后的命运是多舛的。根据搜索结果中的维基百科条目，我们可以了解到以下几点：
奥斯曼帝国的控制：早在1387年，塞萨洛尼基便已经开始由奥斯曼帝国掌控，直到1403年安卡拉战役后回归拜占庭帝国控制[1]。1392年，奥斯曼土耳其人侵占此地，当时军区实际上只余塞萨洛尼基城本身[2]。
拜占庭帝国的收复与再失：1402年拜占庭重新收复此地后，塞萨洛尼基成为一名专制君主的治所，直到1423年该城向威尼斯投降[2]。
塞萨洛尼基之围：塞萨洛尼基之围（1422–1430年）为奥斯曼帝国苏丹进攻塞萨洛尼基之战役。这场战役最终导致塞萨洛尼基再次被奥斯曼帝国控制[1]。
综上所述，塞萨洛尼基军区在奥斯曼帝国的入侵后，先是被奥斯曼帝国控制，随后短暂回归拜占庭帝国，最终在长期的围攻后再次被奥斯曼帝国占领，标志着该地区在军事和政治上的衰落。