约翰·策莱佩斯·科穆宁叛逃拜占庭帝国的原因与他个人的经历和当时的政治背景密切相关。根据搜索结果，约翰二世科穆宁在位期间，约翰·策莱佩斯·科穆宁曾因反对皇帝而被迫流亡[1]。在他流亡期间，他与达尼什曼德王朝的穆罕默德相识，并在后来的战争中受到了穆罕默德的热情欢迎[2]。这表明，约翰·策莱佩斯·科穆宁叛逃的动机可能与他与拜占庭帝国的矛盾和对达尼什曼德王朝的支持有关。他可能寻求达尼什曼德王朝的庇护和支持，以对抗拜占庭帝国，并可能希望通过与达尼什曼德的联盟来恢复或增强自己的权力和影响力。这一行为反映了当时拜占庭帝国内部的权力斗争和外部势力之间的复杂关系[3]。
[1] 伊萨克·科穆宁(阿莱克修斯一世之子) - Wikiwand [2] 约翰·策莱佩斯·科穆宁- 维基百科 [3] 科穆宁王朝与拜占庭百年复兴 - 中国社会科学网