保护灰长臂猿面临的主要挑战包括栖息地丧失、偷猎、非法贸易、人类活动干扰、种群数量少、繁殖率低、遗传多样性减少、生态学基本问题缺乏答案等。目前,海南长臂猿的保护已取得初步成效,种群数量从40年前的不足10只增长到5群33只。保护措施包括栖息地保护、生态廊道建设、监测队伍建设、科学研究、宣传教育、国际合作等。这些措施的成效表现在种群数量的增长、栖息地面积的扩大、生态廊道的建立、监测队伍的专业化、科学研究的深入、公众保护意识的提高等方面。尽管如此,保护工作仍面临诸多挑战,需要进一步加强保护力度和国际合作。