让娜二世作为勃艮第行宫伯爵和阿图瓦女伯爵，她的统治对法国贵族体系产生了以下深远影响：
加强了勃艮第与法国王室的联系：让娜二世与法兰西国王腓力五世的婚姻加强了勃艮第与法国王室之间的联系，使勃艮第成为法国王室的一个重要分支。这种联姻策略在中世纪欧洲贵族体系中十分常见，通过婚姻联盟来加强政治影响力和领土控制。
影响了勃艮第公国的独立性：让娜二世的统治时期，勃艮第公国在一定程度上减少了对法国王室的依赖，开始追求更大的独立性。这种趋势在她的继任者中更为明显，他们更加努力地建造一个独立的中间王国，与法国王室斩断联系。
促进了地区贵族权力的集中：作为勃艮第女伯爵和阿图瓦女伯爵，让娜二世的统治有助于地区贵族权力的集中，加强了地方贵族对领地的控制，这对法国贵族体系的权力结构产生了影响。
影响了法国贵族的继承法则：让娜二世的继承问题也对法国贵族的继承法则产生了影响。她的去世后，由于没有直接继承人，勃艮第和阿图瓦的领地继承问题引发了一系列的冲突和战争，这些事件对法国贵族的继承法则和领地分配产生了深远的影响。
综上所述，让娜二世的统治不仅加强了勃艮第与法国王室的联系，也影响了勃艮第公国的独立性，促进了地区贵族权力的集中，并影响了法国贵族的继承法则。这些变化对法国贵族体系产生了深远的影响，塑造了中世纪晚期法国的政治格局。