新石器时代农民的饮食结构变化导致龋齿概率增加和儿童发育减缓的原因主要有以下几点：

1. 饮食中碳水化合物含量增加：与狩猎采集者相比，新石器时代农民的饮食中碳水化合物含量较高，而纤维、微量元素和蛋白质的含量较低。这种饮食结构的变化使得口腔中的细菌，如链球菌，能将碳水化合物转换成破坏牙釉质的酸，从而增加龋齿的概率[1]。

2. 饮食结构单一化：农业的出现导致饮食结构更加单一化，食物变得越来越精细，这不仅增加了龋齿的发生，也影响了儿童的营养摄入和发育[2]。

3. 营养不均衡：新石器时代农民依赖谷物和猪肉，以及烹饪方式的发展，使得他们罹患贫血的概率增加，贫血的多发在我国北方地区新石器时代人群中是常见的，这也可能影响了儿童的发育[3]。

4. 食物加工方式变化：随着时代的进步，农作物的生产及加工水平有了极大的发展，食物变得越来越精细，这种变化可能也影响了牙齿的健康和发育[4]。

综上所述，新石器时代农民的饮食结构变化，特别是碳水化合物的增加和饮食结构的单一化，是导致龋齿概率增加和儿童发育减缓的主要原因。这些变化影响了口腔健康和营养均衡，进而影响了儿童的生长发育。

[1] 新石器革命- 维基百科，自由的百科全书 [2] 广西顶蛳山遗址人骨的龋齿病理观察 [3] 中国北方早期农业生产模式下的人群营养与健康 [4] 古人的虫牙会“说话” 它们泄露了这些秘密 - 科技日报