在706年，神龙政变的发起者崔玄暐、张柬之等人被韦皇后流放并最终去世的原因，根据搜索结果，可以总结如下：
政变后权力结构变化：神龙政变成功后，武则天退位，唐中宗李显复辟登基。张柬之等五人因拥立之功官至宰相，并获封王爵。但随着时间的推移，唐中宗对这些功臣起了猜忌之心，并开始采取措施削弱他们的势力[1][4]。
武三思和韦后的政治操作：武三思利用唐中宗对功臣的猜忌，提出明升暗降的计策，使五人被加封郡王的同时被罢免实权。随后，武三思和韦后进一步排挤这些功臣，导致他们被流放[1][4][5]。
政治斗争和权力清洗：在政治斗争中，张柬之、崔玄暐等人逐渐失去了唐中宗的信任。武三思和韦后通过政治手段，将这些功臣定罪，最终导致他们被流放至边疆，并在流放途中去世[1][4][5]。
综上所述，神龙政变的主要发起者崔玄暐、张柬之等人被韦皇后流放并最终去世，主要是由于政变后权力结构的变化、武三思和韦后的政治操作，以及政治斗争和权力清洗的结果。这些因素共同作用，导致了他们的悲剧结局。