日本海军在珊瑚海海战后无法将翔鹤号和瑞鹤号的舰载机整编到其他航母上的原因主要有以下几点：
飞行员损失严重：珊瑚海海战中，瑞鹤号的飞行队几乎损失殆尽，而翔鹤号也受到了重创。损失的飞行员中有大量经验丰富的老兵，这些飞行员的损失对日本海军的战斗力影响巨大。来源
飞行员与航母的配属制度：当时日本的海军飞行队完全附属于航空母舰，不能根据需要调整机组。这种僵化的组织结构导致了即使有航母可用，也无法将受损航母的舰载机和飞行员快速整编到其他航母上。来源
训练和协同问题：舰载机飞行员的训练需要较长时间，并且飞行员与航母之间需要有良好的协同。将翔鹤号和瑞鹤号的舰载机整编到其他航母上，会面临重新训练和建立协同的问题，这在战时是难以迅速完成的。
航母损伤和维修问题：珊瑚海海战后，翔鹤号受损严重，需要进行维修，而瑞鹤号虽然躲过了直接攻击，但其舰载机部队损失严重，实际上也影响了其作战能力。这些损伤和维修问题限制了日本海军的调整能力。
综上所述，飞行员损失严重、飞行员与航母的配属制度、训练和协同问题以及航母损伤和维修问题是日本海军在珊瑚海海战后无法将翔鹤号和瑞鹤号的舰载机整编到其他航母上的主要原因。