美国种族主义的历史根源主要有三个：历史、文化和制度根源。从历史角度来看，奴隶制遗毒是美国社会种族歧视的历史之源。自北美殖民地建立到南北战争的200多年间，奴隶制的存在为种族主义提供了基础。法律一度默许了种族主义的合法性，并给予白人受法律保护的优待和权利，而这些权利不为美国其他族裔所享有。此外，殖民地时期，欧洲盎格鲁-撒克逊的白人新教徒获得了政治、社会等领域的优势地位，而美洲原住居民、亚裔以及其他族裔居民则处于从属地位，受到长期歧视。
种族主义从殖民时代延续至今，部分原因是由于奴隶制在美国延续了200多年，给黑人等少数族裔带来无可挽回的创伤，成为当今美国种族歧视和种族冲突的主要历史根源。种族主义已内化于美国的社会、经济和政治生活中，成为困扰美国政治社会的结构性问题。种族主义和殖民扩张是美国建国经历的一部分，并且延续到今天。
综上所述，美国种族主义的历史根源深植于其殖民历史和奴隶制，这些制度和文化因素一直延续至今，形成了美国种族歧视和种族冲突的复杂背景。