南京政府在北伐战争中应对武汉政府的军事行动主要体现在以下几个方面：
政治层面的斗争：南京政府与武汉政府之间存在政治上的分歧和斗争。南京政府试图通过政治手段来削弱武汉政府的影响力，并巩固自己的政权。例如，南京政府极力阻止蒋介石控制上海，并寻找机会将他赶出上海来源。
军事行动的协调与对抗：南京政府在北伐战争中与武汉政府存在军事上的协调与对抗。在某些情况下，双方会进行军事合作，如联合北伐军为基本力量，重返广东来源。但在其他情况下，双方也会发生军事对抗，如南京武汉间军事对垒的形势来源。
北伐战争的继续推进：南京政府在北伐战争中继续推进军事行动，如攻占武汉等重要城市，以实现国家统一的目标来源。
内部的统一与协调：南京政府在北伐战争中也注重内部的统一与协调，如取消各级党、团、工会组织，组成统一的行动委员会组织指挥暴动来源。
综上所述，南京政府在北伐战争中通过政治斗争、军事协调与对抗、继续推进北伐战争以及内部统一协调等多种方式应对武汉政府的军事行动。