立窝尼亚骑士团在立窝尼亚战争中最终失败的原因主要有以下几点：
多线作战：立窝尼亚骑士团在战争中不仅要对抗俄国，还要面对波兰、立陶宛等国的军事压力。如百度百科所述，骑士团与立陶宛缔结了军事同盟，这使得他们需要分散兵力应对多个敌人。
内部矛盾和政治变动：根据360Doc的内容，立陶宛贵族中的强硬派内部变动导致立陶宛最终妥协，这反映出骑士团在政治上的不稳定和内部矛盾。
经济困难：如百度百科中提到，伊凡四世向骑士团索要巨额赔款，骑士团难以筹集，这揭示了骑士团面临的经济压力。
军事失利：根据维基百科，立窝尼亚骑士团在1435年的帕巴伊斯卡斯战役中战败，这次战败削弱了骑士团的军事力量。
外部势力的干预：如新浪新闻所述，俄罗斯在战争中的失败导致其暂时无力向西方扩张，这表明外部势力的干预对战争结果有重要影响。
缺乏海军支持：根据360Doc，俄罗斯在立窝尼亚战争中的失败原因之一是缺乏海军舰队，这限制了其在波罗的海地区的军事行动。
综上所述，立窝尼亚骑士团在立窝尼亚战争中的失败是多方面因素共同作用的结果，包括多线作战、内部矛盾、经济困难、军事失利、外部势力干预以及缺乏海军支持等。