在双王统治下，卡斯蒂利亚和阿拉贡保持行政独立主要通过以下几个方式：
共主邦联的形式：卡斯蒂利亚和阿拉贡形成了共主邦联，由天主教双王联合统治，但两国各自保留了自己的政府机构、经济制度和法律。这种结构使得两个王国在拥有共同君主的同时，保持了各自的行政独立性[1]。
各自的议会和自治立法权：卡斯蒂利亚和阿拉贡都保留了自己的议会和自治立法权。例如，阿拉贡的各个组成部分，如阿拉贡、加泰罗尼亚、巴伦西亚、马略卡等，都保留了自己的议会和自治权，这使得这些地区能够纳入卡斯蒂利亚王冠的管辖，同时保持一定的自治性[2]。
科尔克特和自治权的保持：即使在天主教君主的统治下，卡斯蒂利亚和阿拉贡都保持了自己的科尔克特（可能指代某种自治权或特权）和自治权。从哈布斯堡王朝时期开始，尽管阿拉贡王室在哈布斯堡王朝管理的庞大帝国中逐渐失去了一些自治权，但这些地区仍然保持了一定程度的行政独立[3]。
经济上的隔离：在双王统治时期，卡斯蒂利亚王国在经济上与加泰罗尼亚处于隔离状态，这进一步说明了两个王国在行政和经济上的独立性[4]。
通过这些方式，卡斯蒂利亚和阿拉贡在双王统治下成功地保持了行政独立，尽管它们在政治和军事上有所联合，但在行政管理和立法上仍然保持了各自的特色和独立性。